除了水质的变化，更让人望而生畏的是凫溪近半个世纪发生的几次洪涝灾害。平静温柔的凫溪会在顷刻间变得狂躁不已。凫溪流域地形起伏，是典型的山溪性河流，河水暴涨暴落，浪高流急，漂浮物多，水位能在10分钟内上涨150厘米，最大流速达到每秒7米，151平方公里的流域面积能产生每秒1960立方米的流量。

　　梅林街道梅湖村靠近凫溪河道，由于村庄近在水边，下游又有杨梅岭水库，所以一到洪汛期间，由于泄洪不畅，上游溪水流量猛增，村庄往往饱受水患之苦。说起1988年的那场洪水，村民们还记忆犹新，洪水涌入村庄，所有人在劫难逃，大水淹上二楼，村子全部泡在水中……

　　1996年，在县水利部门的帮助下，梅湖村前的凫溪溪道建起一条高4米、长200米的防洪坝，并对原有溪道进行深挖拓宽。从此，大水再也进不了村中，即使天下大雨，村民也可以安心地睡个好觉了。2008年，县重点工程凫溪流域防洪大坝隔水王段1260米复式大坝告竣，一座宏伟的水上长城，如巨龙蜿蜒，静静地守护着这座美丽的村庄。村民们从此可以安享一份从未有过的安逸与平和。2009年3月，凫溪治理工程大里段小流域治理防洪工程及公路桥竣工，治理河道2171米，修筑防洪堤坝2815米，新建堰坝2座，桥涵2座。

　　凫溪治理工程治理范围由深甽长洋至杨梅岭水库溢洪道下游，河道治理总长为10.37公里，新建堤防18.22公里设计防洪标准均为20年一遇，新建溢洪坝16座，桥梁6座。凫溪流域治理工程共分为6个标段，其中隶属于深甽镇3个标段、梅林街道2个标段、西店镇与梅林街道共同管理1个标段。这其中已完工验收标段3个，已完工待验收标段1个，正在扫尾标段1个，正在开展前期工作的标段1个。截至2016年7月底累计完成投资32229万元，整体工程基本完工。经过全线整治，凫溪流域整体防洪能力大大提高，沿线保护长洋、深甽镇区、刘三、下河、洪家塔、凤潭、隔水王等18个村镇，保护人口约4万人。

　　河道整治与休闲、旅游、生态环境建设相融合。凫溪治水和防洪，都结合了全县“大森林大景区”建设，实施水体林带化，建设沿溪绿化带，再配合自行车道、休闲步道等设施建设，让流域两岸景观与自然环境相得益彰。